Le microbiote

Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin de l’adulte et microbiote

Microbiota in Inflammatory Bowel Disease

Service d’hépatogastroentérologie, centre médicochirurgical Magellan, centre hospitalier universitaire, avenue de Magellan, F-33600 Pessac, France

^* e-mail : pauline.riviere@chu-bordeaux.fr

Résumé

Le microbiote intestinal est un terme désignant l’ensemble des micro-organismes présents dans la lumière digestive. Depuis quelques années, son étude connaît un essor considérable grâce au développement de la génomique. Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique sont des pathologies apparues au fur et à mesure de l’occidentalisation du mode de vie. Le microbiote intestinal étant un acteur majeur de la physiologie intestinale et sensible aux modifications environnementales, l’hypothèse d’un rôle pivot du microbiote intestinal dans la pathogénie des MICI s’est donc imposée. Le microbiote intestinal des patients atteints d’une MICI se caractérise par des différences de composition et d’activité métabolique par rapport aux sujets sains. Une dysbiose, c’est-à-dire un déséquilibre entre les bactéries pro-inflammatoires et anti-inflammatoires, est observée, associée à une perte de la diversité et à une activité fonctionnelle modifiée. Néanmoins, le rôle causal du microbiote dans la pathogénie des MICI n’est pas clairement élucidé. Pour l’instant, cette analyse du microbiote n’a pas d’intérêt en pratique clinique à l’échelon individuel. Néanmoins, dans les années à venir, il pourrait servir de biomarqueur pour prédire l’évolution de la maladie ou la réponse au traitement. Les applications thérapeutiques sont encore au stade de l’essai clinique mais que ce soit via l’alimentation ou la transplantation de microbiote fécal, des prises en charge ayant comme cible le microbiote devraient voir le jour dans les prochaines années pour les patients atteints d’une MICI.

Abstract

Intestinal microbiota is defined as the community of microorganisms present in the gut lumen. Recent advances in genomics made enhanced microbiota knowledge possible. Inflammatory Bowel Diseases (IBD) were first observed in industrialized countries. Gut microbiota, critical determinant of intestinal physiology and susceptible to environment modifications, is suspected to play a key role in their pathophysiology. Gut microbiota from IBD patients display composition and functional differences compared to healthy subjects. A dysbiosis, namely an imbalance between pro- and anti-inflammatory bacteria is observed, next to a loss of diversity and modified metabolic activity. However, the role of microbiota in IBD has not been thoroughly elucidated yet. Currently, microbiota analysis is not indicated in routine practice and presents no interest at the individual scale. Hopefully, in the coming years, microbiota could be used as a biomarker to predict disease outcomes or response to therapy. Therapeutic applications are being tested in many clinical trials but have not yet been translated in the clinical practice. However, therapeutic management taking microbiota as a target could be soon integrated in clinical practice, through specific diets or fecal microbiota transplantation.